上海高校智庫·復旦大學人口與發展政策研究中心
中心成立于2013年，是市教委首批設立的10家上海高校智庫之一。每年承接來自于上海市政府發展研究中心、上海市人口辦、上海市婦聯、上海市發改委和上海市衛計委等部門的決策咨詢項目10多項，每年完成《上海市實有人口市情報告》、《上海市民公共安全感調查報告》等綜合性調研報告。
上海高校智庫·復旦大學中國經濟研究中心
中心于2013年成為首批獲準正式立項的經濟學類智庫。智庫由經濟學院院長張軍教授領銜，以教育部人文社會科學百所重點研究基地——復旦大學中國社會主義市場經濟研究中心的專職研究人員為主體，致力于當代中國經濟、轉型與發展經濟學、區域經濟學和產業經濟學等領域的理論和實證研究，兼具科學研究基礎和中國問題導向的特點；同時與世界銀行以及亞洲開發銀行等國際機構就中國經濟發展問題展開深入的合作研究，致力于中國的宏觀穩定與經濟增長、經濟體制改革、財政與貨幣政策、產業升級與產業政策、城市化與區域發展、農村經濟發展、能源環境與可持續發展等具有重大戰略意義的政策咨詢研究。
上海高校智庫·復旦大學宗教與中國國家安全研究中心
中心成立于2013年9月，是上海市教委決定在全市高校中建立首批在建智庫之一。主要研究內容為：宗教與中國國家安全研究、宗教與當前中外關系和中國對外戰略、宗教與中國社會安全和國家建設以及當前國內外各種宗教運動和現象。
上海高校智庫·復旦大學亞太區域合作與治理研究中心
中心作為市教委首批設立的10家上海高校智庫之一、市教委與市哲社辦共建的上海市社會科學創新研究基地，以亞太地區的國際關系和地區合作為主要研究對象，聚焦中國崛起背景下與亞太重點國家和地區組織（如美國、日本、俄羅斯、韓國、東盟等）的互動，分析這種互動的發展規律和演變趨勢，提出中國的應對方略，努力成為“依托上海、聚焦亞太、輻射全球”的一流高校智庫。
上海高校智庫·復旦大學政黨建設與國家發展研究中心
2013年，中心成為上海市首批正式立項資助的高校智庫之一。中心還承擔了上海市黨的建設理論與實踐創新研究基地、全國共青團青年工作研究基地（面向全團的高級智庫）、全國青年社會組織研究中心、共青團中央中國特色社會主義理論體系研究中心復旦基地以及復旦-四川婦聯組織理論研究基地等研究機構的秘書處工作。
上海高校智庫·復旦大學網絡空間戰略研究所
研究所直屬于復旦大學大數據研究院，通過實現六個方面創新機制的建設，包括交叉研究創新、學科發展創新、人才培養創新、管理模式創新、產業融合創新和資源支持創新，努力建設成為能夠提供高質量資政服務的創新型研究機構的典范。
上海高校智庫·復旦大學長三角一體化發展研究院
研究院成立于2019年9月，獲批成為上海市教委第二批“上海高校智庫”單位，充分發揮學校學科優勢，深耕長三角一體化發展研究，在制度建設、團隊力量、多維合作、學術研究、成果轉化和輿論宣傳等方面積極探索作為，根植高校，聚焦戰略，立足長三角，共創思想會客廳。
上海高校智庫·復旦大學新時代黨的建設與黨內法規研究中心
中心成立于2019年，以復旦大學黨建學科與馬克思主義學院為依托，有效整合校內黨建研究、政黨政治學研究、黨內法規研究力量，協同推進新時代黨的建設與黨內法規研究中心建設，將新時代黨的建設基本內容與黨內法規體系緊密結合起來，將新時代黨的建設理論與實踐有機結合起來，將黨的建設與黨內法規學術研究、理論研究、政策宣傳、決策咨詢、人才培養有機結合起來，加強與全國兄弟單位、黨政機關、企事業單位的合作，在多出科研成果、決策咨詢成果的基礎上，積極為國家與社會培養黨建人才。
